Weaver đã kết hôn với đạo diễn sân khấu, Jim Simpson từ ngày 1 tháng 10 năm 1984. Họ có một con gái, Charlotte Simpson (sinh ngày 13 tháng 4 năm 1990).

Sau khi thực hiện Gorillas in the Mist: The Story of Dian Fossey, bà trở thành người ủng hộ của quỹ The Dian Fossey Gorilla Fund và bây giờ là nữ chủ tịch danh dự của quỹ này. Bà được vinh danh bởi câu lạc bộ các nhà thám hiểm vì những đóng góp của mình. Weaver được xem như là một nhà môi trường học.

Vào tháng 10 năm 2006, bà thu hút sự chú ý của quốc tế thông qua một cuộc họp báo ngay khi bắt đầu thảo luận chính sách của Đại hội đồng LHQ. Bà đã vạch ra mối đe dọa rộng lớn đễn các môi trường sống của đại dương do đánh cá sâu, một phương pháp đánh bắt cá công nghiệp.

Vào ngày 8 tháng 4 năm 2008, bà đã tổ chức buổi tiệc hàng năm của chương trình Trickle Up, một tổ chức phi lợi nhuận tập trung thành phần những người đói nghèo cùng cực, chủ yếu là phụ nữ và người tàn tật, trong phòng Cầu Vồng.

Bà là một người bạn lâu năm của Jamie Lee Curtis, người cùng tham gia với bà khi bà đóng vai chính trong bộ phim hài lãng mạn You Again (2010). Trong một cuộc phỏng vấn chung năm 2015, Curtis thừa nhận với Weaver rằng bà chưa bao giờ xem hết bộ phim Alien bởi vì bà quá sợ hãi.